背景资料
MicroRNA (miRNA) 是一类由内源基因编码的长度约为22 nt的非编码单链RNA 分子,它们在动植物中参与转录后基因表达调控。大意就是，Micro RNA就是一条不会翻译蛋白的小的RNA。其单位是22nt，而不是22bp，因为nt是核苷酸，bp是碱基对，Micro RNA是用nt作为单位的，起码说明了Micro RNA是单链的。
命名
miRNA的转录
MiRNA首先是由MiRNA的host gene转录获得的，host gene转录，形成了primary microRNA（pri-MiRNA），然后通过Drosha–Pasha 复合体，形成了precursor microRNA（也就是pre-MiRNA），接着pre-MiRNA被Dicer剪切成双链的RNA，然后双链RNA被AGO1保护起来，其中一条链被降解，另一条链就被保留下来了。
被降解的链一般被称之为“Passenger strand（过客链）”，这条链一般不容易被检测到，因为被降解了，这条链也被称之为星号链，一般会表示为“miR-×××*”。另一条链被称之为“Guide strand ”，也就是先导链，这条就是我们通常所说的miRNA。
注：从图上就可以看出，Passenger strand和Guide strand链都是来源于一个基因，但它们两个还能互补。
pri-miRNA
pri-miRNA：长度从几百到几千个碱基不等，带有5‘帽子和3’polyA尾巴，以及1到数个发夹径环结构，如下所示
：
用上述的命名方法的话，比如我们说MiRNA-21和MiRNA-21*，就大概是这样的，如下所示：
这个图上，我们可以看到MiRNA-21是产生在precursor microRNA的5’臂上的，而MiRNA-21是产生于precursor microRNA的3’臂上的。“”这个标志，主要告诉我们，这条链是“Passenger strand”，也就是miRNA-21产生的一个副产品，表达量超低，所以星号链经常被认为是没有功能的。
miRNA的5p端与3p端
但是，问题来了，2011年开始，有很多文献，开始表明miRNA星号链是有功能的（Widespread regulatory activity of vertebrate microRNA species.，Yang，2011），星号链的功能，也有可能比先导链更为高级。那这样用“”来标记就有点过时了。于是就产生了这样的命名方法，就是按照microRNA产生于precursor microRNA的5’臂或者是3’臂，来将miRNA表示成“MiR-×××-5p”或者“MiR-×××-3p”，这样的话miR-21，就被命名成为了“miR-21-5p”，它的星号链就被命名成为了“miR-21-3p”。之前还有用“-s”（sence）“-as”（antisence）来对先导链（先导链是-s）和星号链（星号链是-as）来命名，主要是dsRNA形成过程时的正向和反向。但由于很容易搞混，所以已经被取消了。可能看到老一点的文献中会有。
miRNA的编号
pre-miRNA以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122，Accession为MI0000442；而miRNA的成熟链以“miR”命名，其编号以“MIMAT”编号，如人的miR-122的一个成熟体的ID为hsa-miR-122-5p ，Accession为 MIMAT0000421。
因此，miRNA的命令示意图如下所示：
miRNA命名方式的汇总
- 一个系统命名包含三部分内容，即物种，microRNA类别，序号。三者间用短线连接。
- 物种一般用三个小写字母表示，如hsa,mmu和rno分别代表人，小鼠和大鼠。
- MicroRNA类别是指所命名的microRNA是pre-miRNA还是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示，mature miRNA用miR表示。
- 序号为一阿拉伯数字，代表microRNA发现的先后。一般而言，数字越小，发现越早
- 高度同源的miRNA在No.其后加英文字母(小写,一般从a开始) 如miR-199a 和miR-199b
- 由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以区分, 如miR-199a-1和miR-199a-2；
- 如果一个前体的2个臂分别加产生miRNA，则根据克隆实验，在表达水平较低的miRNA 后面加“” ，如miR-199amiR-199a，或进行如下命名，miR-142-5p(也可命名为miR-142-s，表示从5’ 端的臂加工而来)和miR-142-3p(也可命名为miR-142-as，表示从3’端的臂加工而来)；
- 确定命名规则之前发现的miRNA，如let-7，则保留原来名字。
作用机理
作用机理的图片如下所示：
要说MiRNA具体是咋起作用的？好吧，给你举个例子，你感受一下。普通的mRNA就好比是一条高速公路，路上会有很多会排出尾气的汽车（核糖体，它们在mRNA上边走边翻译蛋白），一条高速路上会有很多辆车（多聚核糖体Polysome），车越多、开得越快，尾气就越大（蛋白表达量就越高），这个时候，在路快到尽头的地方（mRNA的3’UTR上）就出现了一个交警（MiRNA聚合一些蛋白的RISC，RNA-Induced SilencingComplex，RNA诱导沉默复合体），他稳稳地站在路的最后（通过RISC中的MiRNA与3’UTR互补，结合到mRNA的3’UTR上），整个车队就停下来了，尾气也没了（蛋白表达降低）。好了，现在也明白为啥过表达MiRNA之后下游基因的mRNA变化不大，但蛋白会有变化了吧？因为警察是不会拆路的……
比较详细的图
miRNA种子区（“seed”region）
5’端2-8个碱基被称为种子序列
miRNA与miRNA靶标的结合
主要有两类：5’-dominant Site和3’-compensatory Site。
- 5‘显性位点：满足经典种子区2-8完全互补结合的方式。如下所示
： - 3’端补偿位点：5‘端并非满足2-8经典完全互补，知识部分互补，这样3‘端补偿位点结合，增强了miRNA与标靶结合稳定性，如下所示：5’-dominant Site和3’-compensatory Site，如下所示
RNA的靶点预测
工具汇总如下
miEAA
网址：https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa_tool/
分析microRNA的功能、信号通路、疾病等进行分析
YM500v2：
http://ngs.ym.edu.tw/ym500v2/index.php
Starbase（http://starbase.sysu.edu.cn/index.php）
交叉预测网站，既可以通过靶基因预测microRNA也可以通过microRNA预测靶基因。
miRPathDB（https://mpd.bioinf.uni-sb.de/overview.html）
查询参与通路内调控的miRNAs，包含了人、鼠两类数据。
mirbase（mirbase：http://www.mirbase.org/）