前言
最近在国内某公司买了一个慢病毒质粒，公司的人说可以用来包慢病毒，也可以用来瞬转。但是我发现这个质粒上没有3'UTR和5' UTR，我怀疑不能用来包慢病毒，公司说可以，但要用他们的试剂盒。我问了一下师兄，师兄说，这种质粒可能是第三代慢病毒包装质粒，试剂盒里的主要试剂就是包含三种包装质粒的混合液。我们实验室用的是第二代病毒包装系统，两个包装质粒，一个目的质粒，因此我对这种质粒包装系统并不清楚。现在查了一些三代包装系统的资料，现在总结如下。
慢病毒的成分
现在的慢病毒包装系统通常包括几个质粒，这几个质粒上分别含有慢病毒复制的成分，这样做的目的就是为了增加安全性，毕竟如果只用一个成分的话，危险系数很高，人一旦接触这种病毒就有可能遇到危险。而把这几个成分分散在几个质粒中，很难在体外形成危险的病毒颗粒。第二代慢病毒包装系统含有3个质粒，第3代慢病毒包装系统含有4个质粒。这两代病毒包装系统都含有以下相同的成分：
第一，编码目的蛋白或转录目的基因的转移质粒。其实就是你自己的目的质粒，也就是通常需要自己做载体的质粒。目的基因的两侧都含有长末端重复序列（LTR，long terminal repeat），LTR的作用就是辅助目的基因插入到宿主细胞的基因组。许多慢病毒质粒都是基于HIV-1病毒改造的。为了安全目的，这些目的质粒的复能能力并不完全，它们的3'LTR有所删减，这样病毒插入到基因组后会自我失活（self-inactivating）（SIN）。
第二，包装质粒，毒包装的结构蛋白编码质粒。
第三，包膜质粒，编码蛋白质外壳。
第二代慢病毒利用病毒的LTR启动子用于基因的表达，第三代慢病毒利用一个杂合的LTR启动子进行基因表达。
第二代慢病毒
下图是第二代慢病毒系统：
这个系统含有3个质粒，第1个质粒：包装质粒，它编码Gag，PoI，Rev与Tat基因。第2个质粒：包膜质粒，含有VSV-G，编码蛋白Env。第3个质粒：目的质粒，含有病毒的LTRs和psi包装信号（图片未画出），除非有内部启动子，否则这个目的质粒的目的基因是由5'LTR驱动的，它是一个弱启动子，需要Tat元件 的来激活它。所有的第2代慢病毒目的质粒必须要用第2代慢病毒包装系统，因此它的LTR是Tat依赖性的。
第三代慢病毒
第3代慢病毒如下所示：
设计第3代病毒的目的主要还是提高安全性。在第3代病毒中，将第2代病毒的包装质粒分成了2个质粒，一个编码Rev，另外一个编码Gag和PoI。虽然第3代病毒更加安全了，但是它的效率却降低了。除此之外，第3代病毒删除了Tat元件，并且在目的质粒中引入了一个嵌合了5'LTR的异源启动子。这种目的质粒基因的启动子并不依赖于Tat元件。第3代病毒的目的质粒可以使用第2代或第3代的包装质粒，也就是说第3代慢病毒的目的质粒兼容第2代的包装系统。
第二代慢病毒与第第三代病毒的区别
| 特点 | 第2代慢病毒 | 第3代慢病毒 |
|---|---|---|
| 目的质粒 | 只能被含有TAT的2代病毒包装 | 可以被第2代和第3代病毒包装系统包装 |
| 包装质粒 | 一个质粒上含有Gag，PoI，Rev，Tat（也就是psPAX2） | 2个质粒，一个编码Gag和PoI；另外一个质粒编码Rev（也就是pMDLg/pRRE和pRSV-Rev） |
| 包膜质粒 | 可替换，通常用于编码VSV-G（pMD2G） | 可替换，通常用于编码VSV-G（pMD2G） |
| 案例性 | 安全。复能能力不完全，使用编码各种HIV基因的3个质粒。 | 更安全，复制能力不完全，有自身失活性（SIN）。使用4个质粒来替换2代慢病毒的3个质粒，删除了Tat元件。 |
| LTR病毒启动子 | 广泛型 | 杂合：删除了部分的5’LTR，与另外一个异源增强子/启动子融合，例如CMV或RSV。 |
第三代病毒包装系统的过程
其实买的目的质粒虽然是三代病毒包装系统的，但是完全可以用二代慢病毒包装系统来替代，用PMD2G和psPAX2，外加目的质粒进行转染。
参考资料
https://www.addgene.org/viral-vectors/lentivirus/lenti-guide/