HIPC介绍

前言

最近在看GSEA有关的内容,GSEA官网里涉及到一个基因集,即C7 collection: Immunologic signatures,这是一个与免疫相关的基因集,根据官网的介绍,这个基因集是由BROAD实验室与丹娜法伯癌症研究院(Dana-Farber Cancer Institute)的Haining Lab和人类免疫学项目联合合会(HIPC)合作的一部分,当时还发了一篇Immunity,文献信息如下:

Godec J, Tan Y, Liberzon A, Tamayo P, Bhattacharya S, Butte A, Mesirov JP, Haining WN, Compendium of Immune Signatures Identifies Conserved and Species-Specific Biology in Response to Inflammation, 2016, Immunity 44(1), 194-206.

以下内容是HIPC官网的一些资料。

HIPC简介

HIPC英文全称是Human Immunology Project Consortium,即人类免疫学项目研究联合会,成立于2010年,后又于2015年重组,即由原来的NIAID的过敏所(注:NIAID的全称为National Institute of Allergy and Infectious Diseases,即国家过敏与感染性疾病研究院),免疫所和移植所进行合并,统一作为NIAID的构成部分,集中研究人类免疫学。

注:上面一段话是我按原文翻译后理解的,不一定准确,为了避免歧义我,这里贴出原文:

The Human Immunology Project Consortium (HIPC) program was established in 2010, and renewed in 2015, by the NIAID Division of Allergy, Immunology, and Transplantation as part of the overall NIAID focus on human immunology.

通过HIPC计划,研究者们使用各种现代分析工具分析人类多个免疫学方面的数据,其中包括多重转录(multiplex transcriptional),细胞因子,蛋白质谱;白细胞亚型的多参数表型(multiparameter phenotyping of leukocyte subsets);评估白细胞功能状态以及开发多种算法。

HIPC项目旨在建立一个集中的研究中心,以及一个广泛的,中心化的数据库,从而让更多的研究者们使用。HIPC项目产生的信息将会有助于研究者们广泛地理解人类免疫系统方方面面,包括免疫系统的调控,发现免疫系统组分与其它生物系统的新型关系,从而确定新的免疫介质与通路,以及构建不同种群疫苗案安全性的预测因子,从而确保对不同疫苗配方的快速评估,确立接种方案等。该知识库还将会构建起免疫系统介导的人类疾病的研究基础,这些人类免疫性疾病包括过敏,哮喘,移植排斥和自身免疫性疾病以及各种炎症性疾病。

HIPC的任务

目标

  1. 定义稳定和活化的人类免疫系统的表达谱/标签/足迹(Define profiles/signatures/fingerprints of steady-state and activated human immune system)
  2. 创建一个中心化的知识库或资源:
  • 有利于研究人类免疫系统;
  • 针对人类疾病开发新的疗法。

研究

  1. 感染导致的稳态异常(Perturbations of the steady-state by infection);
  2. 疫苗;
  3. 佐剂研究(Adjuvant administration )

方法

  1. 定义人类转录组/蛋白质谱;
  2. 多重分析(multiplex assays);
  3. 多参数表型,系统生物学;
  4. 质谱。

参考资料

  1. https://www.immuneprofiling.org/hipc/page/showPage?pg=sci-about
  2. http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collection_details.jsp#C7